Tạp chí Y-Dược học quân sự có mục đích, tôn chỉ là thông tin về các hoạt động của Học viện Quân y; định kỳ theo kỳ hạn xuất bản để thông tin chuyên ngành, chuyên sâu; công bố, đăng tải các kết quả nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, thành tựu khoa học thuộc lĩnh vực đào tạo, nghiên cứu khoa học và điều trị của Học viện Quân y.
Tạp chí Y - Dược học quân sự xuất bản 9 số/năm, đăng tải các công trình nghiên cứu gốc (Original papers), các bài tổng quan (Review papers) về lĩnh vực y dược học quân sự, y học cơ sở, y học lâm sàng, y học dự phòng, y tế công cộng, y xã hội học, dược học; nghiên cứu ca bệnh (case report) hoặc chùm ca bệnh (series case report); những thông tin Y- Dược (Pharmacetical and medical scientific information) trong nước và quốc tế nhằm mục tiêu nâng cao kiến thức và thực hành trong các chuyên ngành của y học.